La protezione delle piante contro parassiti e malattie è un grosso problema per i produttori di frutta biologici, poiché la frutta è un prodotto molto sensibile. Molti agricoltori biologici in Europa hanno adattato le proprie pratiche e tecniche alle situazioni locali per affrontare con successo la sfida della protezione delle proprie colture. Questa preziosa conoscenza pratica rimane spesso a livello locale, anziché essere condivisa con i frutticoltori che affrontano gli stessi problemi in altre regioni.