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La nascita dell'Università a Cesena fu probabilmente collegata con la formazione del Collegio Giuridico cesenate concesso da Giulio II nel 1504. La costituzione del Collegio dei Giuristi segnò l'inizio di una lunga serie di riconoscimenti che testimoniano la tenacia con la quale si perseguì l'obiettivo di creare un pubblico Studio nella città romagnola. Nel 1534 vennero  approvati gli statuti, i privilegi e i decreti del Collegio dei Giuristi; nel 1561 Pio IV eresse  il Collegio dei Medici e dei Filosofi.
 
Nel 1675 Clemente X emanò un motuproprio col quale  confermò i privilegi "Universitatis Caesenae eiusque Collegiorum et Collegium Juristarum amplioribus facultatibus decoratur". Si trattò di un atto confermativo non di un decreto di fondazione dello Studio cesenate, che, come appariva sin dalla intestazione, era già esistente anche se nei precedenti atti pontifici non se ne era fatto alcun cenno. Gli stessi Collegi, quello dei Giuristi e dei Filosofi e Medici , avevano superato l'originario assetto di Collegi cittadini, avevano al propriointerno tutte le prerogative di un collegio universitario. Un'evoluzione di questo tipo non fu riconoscibile nella esperienza di casi analoghi quali, ad  esempio, il Collegio dei Giuristi di Forlì.
 
Nel 1796 Pio VI equiparò, a tutti gli effetti, le lauree assegnate dallo Studio cesenate a quelle conferite dalle maggiori università dello Stato della Chiesa. Il 17 novembre 1800 vennero dichiarati decaduti i privilegi su cui si fondava il  diritto di addottorare: lo Studio di Cesena poteva considerarsi definitivamente soppresso, suscitando ben modeste resistenze e isolate proteste.
Decaduta la tradizionale struttura dell'assetto corporativo dei colleggi professionali, Cesena  non ebbe più la capacità di riproporre con argomentazioni convincenti la riattivazione della sua università fino all'istituzione del Corso di Laurea in Scienze dell'Informazione, nel 1989, come sede distaccata dell'Università di Bologna. L'attivazione del corso, favorita dalla Cassa di  Risparmio di Cesena che ha fornito tramite la SER.IN.AR. S.p.a. (società appositamente costituita)  i laboratori, la biblioteca ed altre attrezzature didattiche, rappresenta una significativa  espressione di sviluppo dell'ateneo bolognese verso un territorio fino ad allora privo di insediamenti universitari.
 
Nel corso degli anni, grazie al contributo degli enti locali e all'impegno dell'Università,  l'offerta didattica si è sempre più arricchita, arrivando ai 10 corsi di laurea triennali e ai 10 di laurea specialistica; a ciò si aggiunga l'acquisizione e la crezione di nuove strutture che ospitano le aule, gli uffici e i più moderni laboratori.
 
Nel 2001 si costituisce il Polo Scientifico-Didattico di Cesena, nell'ambito del Progetto  Multicampus dell'Ateneo di Bologna, al fine di permettere la diffusione dell'offerta formativa e  l'attivazione di una  stabile realtà di ricerca sul territorio. Il Polo di Cesena realizza progetti finalizzati ad accrescere la qualità della didattica, a garantire idonei servizi  agli  studenti, a sostenere lo sviluppo della ricerca, a incentivare i rapporti tra Università e impresa e a favorire l'inserimento dei laureati nel mondo del lavoro.
 
Per il futuro, è in programma la realizzazione del Progetto Campus inserito nel contesto del piano di  riqualificazione urbana dell'area dell'ex Zuccherificio che ospiterà abitazioni,  uffici, residenze per studenti e docenti e le Facoltà di Ingegneria e Architettura.
Con la realizzazione del Campus e la ristrutturazione di Palazzo Urbinati, di Palazzo Romagnoli, di Villa Almerici, del Palazzo ex Arrigoni, l'insediamento universitario cesenate, configurabile come un qualificato politecnico, assumerà un'unitaria, anche se articolata configurazione  caratterizzata da sedi altamente funzionali e da servizi comuni strettamente legati al centro  storico della città.