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Nella metà del XVI secolo, le città sarde di Cagliari e Sassari si batterono per la fondazione di sedi universitarie nel Regno. La nascita dell'ateneo di Sassari è legata alla figura di Alessio Fontana, funzionario della cancelleria imperiale di Carlo V, che nel 1558 lasciò i suoi beni nel proprio testamento alla municipalità per l'istituzione di un collegio di studi. Tuttavia soltanto nel XVII secolo, il 9 febbraio 1617, il re Filippo III concesse lo statuto di università regia al collegio gesuitico, consacrando quella di Sassari come prima università regia.

Nel 1765, venne promulgato il regolamento con cui la piccola università sassarese veniva riformata, con il riconoscimento delle quattro facoltà tradizionali: Filosofia ed Arti,Teologia, Giurisprudenza e Medicina. Venne effettuata inoltre la scelta di trapiantare professori piemontesi capaci di rinnovare il contenuto scientifico dei corsi e di aprire l'università alla cultura europea e alle idee dei lumi. Uno degli effetti positivi della "restaurazione" del governo sabaudo fu quello di avviare la ricerca sui problemi concreti della Sardegna, per lo sfruttamento e la valorizzazione delle risorse economiche e naturali. Per tutto il Settecento i due atenei sardi favorirono la circolazione delle idee e crearono una nuova classe dirigente adeguata alle esigenze dei tempi.

Negli anni venti e trenta dell'Ottocento, l'ateneo entrò in una fase di decadimento, tanto che nel 1847 il governo previde la sua soppressione (Legge Casati). Grazie alla reazione forte della comunità locale e di alcuni parlamentari, si ottenne la sospensione temporanea del provvedimento e, nel 1877, l'Università di Sassari venne parificata a quelle secondarie, inaugurando in questo modo una nuova fase di sviluppo.

Tra la fine del secolo e gli inizi del Novecento l'ateneo conobbe un nuovo "rifiorimento", grazie alla circolazione della cultura positivistica nel campo della medicina, delle scienze e del diritto. Illustri professori insegnarono dalle sue cattedre: Pasquale Piga (patologia a clinica chirurgica), Antonio Conti (anatomia patologica), Francesco Coletti (statistica), Claudio Fermi (igiene), Enrico Besta (storia del diritto), Achille Terraciano (botanica), Flaminio Mancaleoni (diritto romano), Giacomo Pitzorno (anatomia umana).

Uno sviluppo ulteriore si ebbe durante il primo il trentennio del Novecento, grazie ad un inserimento sempre maggiore all'interno del "sistema universitario nazionale". In questa fase operarono professori e rettori come Angelo Roth (medicina), Luigi Maggiore (clinica oculistica), Massimo Severo Giannini (diritto amministrativo), Lorenzo Mossa ed Antonio Segni (diritto commerciale). Nel 1934 furono istituite due nuove facoltà, Farmacia e Medicina Veterinaria, a cui si aggiunge, nel 1950, la facoltà di Agraria, fortemente impegnata a favore della rinascita economica e sociale della Sardegna.

Nell'ultimo trentennio del 1900 l'università cresce ancora: nascono le Facoltà di Magistero (successivamente trasformata in Lettere e Filosofia), Scienze Politiche, Lingue ed Economia, fino a raggiungere nel 2002, con l'istituzione di Architettura, il numero di 11 facoltà.