La storia dell'Istituto inizia il 12 gennaio 1874 quando la Dieta regionale tirolese di Innsbruck, che aveva acquistato il monastero e relativi beni, deliberò di attivare a San Michele all'Adige una scuola agraria con annessa stazione sperimentale, ognuna delle quali doveva congiuntamente cooperare alla rinascita dell'agricoltura nel Tirolo.

Poco dopo l'anno Mille, in Europa e anche in Tirolo, nascevano e venivano potenziati, ad opera di vari ordini monastici, diversi monasteri che divennero anche centri di attività agricole. Nel 1145 i Conti di Appiano donarono il loro castello di San Michele all'Adige al Principe Vescovo di Trento, il quale poi lo passò agli Agostiniani. Quest'ultimi lo trasformarono in monastero (ora museo) e tale rimase fino al 1807. Molte fonti storiche del lungo periodo che intercorre tra la fondazione del convento e la sua secolarizzazione sono andate distrutte con il saccheggio dell'archivio, custodito presso la biblioteca; rimangono tuttavia pregevoli testimonianze quali le due cantine (una del XII e l'altra del XVI secolo), il refettorio ed il chiostro.

La storia dell'Istituto inizia il 12 gennaio 1874 quando la Dieta regionale tirolese di Innsbruck, che aveva acquistato il monastero e relativi beni, deliberò di attivare a San Michele all'Adige una scuola agraria con annessa stazione sperimentale, ognuna delle quali doveva congiuntamente cooperare alla rinascita dell'agricoltura nel Tirolo. L'attività della nuova istituzione iniziò nell'autunno dello stesso anno, seguendo l'impostazione data da Edmund Mach, primo direttore. Mach, che può essere definito il fondatore dell'Istituto, proveniva dalla Stazione sperimentale di Klosterneuburg presso Vienna ed aveva alle sue spalle una breve ma intensa carriera di ricercatore nel campo della chimica agraria e dell'enologia. Ottimo organizzatore e innovatore, Mach ebbe un ruolo fondamentale nel delineare i principi base per l'impostazione dell'attività sia nell'ambito scolastico che in quello sperimentale. A Mach si deve il merito di aver intelligentemente intuito che ricerca e didattica non devono procedere separatamente ma devono invece costituire un binomio indissolubile dal quale trarre le premesse per la crescita del settore.

Le linee operative da lui tracciate per la Scuola e la Stazione sperimentale sarebbero state portate avanti con positivi risultati dai suoi successori fino al passaggio dell'Istituto all'Italia, avvenuto dopo la prima guerra mondiale. Con il 1919 il complesso dell'Istituto passò alle competenze della provincia di Trento e nel 1926 venne attivato il Consorzio con lo stato italiano per la gestione dell'Ente.

Dopo Edmund Mach si susseguono validi direttori, fra i quali spicca la figura del prof. Enrico Avanzi, professore accademico che è riuscito a portare la stazione sperimentale agraria di San Michele alla pari degli istituti universitari italiani. Svolge anche una gran mole di lavoro nel settore cerealicolo, frutticolo e viticolo, supportato dall’enorme opera di Rebo Rigotti, ricercatore di grande talento che ha saputo spaziare in molteplici campi. Si è dedicato anche al miglioramento genetico della vite ottenendo nuovi incroci fra i quali spicca l’ormai affermata varietà autoctona a bacca rossa che porta il suo nome (Rebo).

Dopo il secondo conflitto mondiale spicca la figura di Bruno Kessler che, nella sua duplice veste di Presidente della Provincia autonoma di Trento e di Presidente dell’Istituto agrario, ha saputo rilanciare l’Ente. E’ soprattutto merito  di Kessler se la scuola di San Michele negli anni settanta si rinnova e si prepara alle sfide dei tempi moderni, aprendosi, tra l’altro, a collaborazioni con altre realtà simili europee soprattutto nel mondo di lingua tedesca.

La legge provinciale N°28 del 1990 e sue successive modificazioni e integrazioni hanno riordinato le strutture operanti in San Michele all'Adige rifondando l'antico Istituto agrario imperniato sui poli essenziali della didattica, della ricerca e dell’assistenza tecnica. Dal 2008 l’Istituto agrario è stato trasformato in una Fondazione che porta il nome del primo direttore Edmund Mach.