Si stima che nel 2008, su un totale di 225 impianti certificati per l’acquacoltura biologica, 123 fossero attivi in Europa e che ad essi si dovesse quasi la metà della produzione mondiale (pari quell'anno a 50.000 tonnellate). I primi cinque Stati membri in termini di produzione sono Regno Unito, Irlanda, Ungheria, Grecia e Francia, mentre la specie più allevata è il salmone.
A livello europeo, il cammino dell’acquacoltura biologica è partito ufficialmente Nell’agosto del 2009, con il regolamento CE n. 710 . Esso stabilisce i principi per allevare con tecniche biologiche e certificare l’allevamento di pesci d’acqua dolce e d’acqua salata, gamberi e altri molluschi, cozze, ostriche e anche alghe.
Il 1° 2010 luglio le nuove norme europee sull'etichettatura degli alimenti biologici che riguardano anche l'acquacoltura sono entrate ufficialmente in vigore . Tali norme stabiliscono condizioni relative all’ambiente di produzione acquatico che devono essere rispettate in tutta l'Ue, impongono la separazione di unità biologiche e non biologiche e indicano condizioni specifiche per il benessere degli animali, compresa la densità massima degli stock (un indicatore misurabile del benessere degli animali). Le norme impongono inoltre il rispetto della biodiversità, il divieto di indurre la riproduzione utilizzando ormoni artificiali e l'impiego di mangimi biologici integrati da prodotti ittici provenienti da attività di pesca gestite in modo sostenibile.
Per l’Italia, quello dell’acquacoltura biologica sarà un settore da sostenere e valorizzare, sia per creare nuove imprese che per dare nuove fonti di reddito ai numerosi allevamenti già esistenti, che potrebbero vedere valorizzata la propria produzione proprio grazie alla certificazione biologica.